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參考中央依救災功能及任務區分作為功能分組之規定，並依照事故現場指揮體系（ICS）模組概念，本市災害應變中心自96年度起亦改採功能編組之運作，共計分為4群及14組，強化指揮官與幕僚對災害之協調整合、指揮、調度功能，達成「編組模組化」、「執行效率化」及「調度計畫化」之總體目標。

在本市歷次災害中，以颱洪及地震災害發生次數最為頻繁，因此市級災害應變中心之功能編組模式係以防範颱洪及地震災害為主，其他災害類別（例如：疫災）之開設，應由各災害業務主管機關另行考量其災害特性適時修改編組模式及參考其所訂定之標準作業程序彈性編組。

應變中心運作程序
指揮官得視實際情形彈性啟動功能編組或增派其他機關單位派員進駐，其運作程序如下：

1. 完成進駐後，應立即展開各項緊急應變措施。
2. 各防救單位應於機關內部設緊急應變小組。
3. 指揮官每日9時及20時召開災害防救會報。
4. 各群群長必要時召開功能群工作討論會議。
5. 區災害應變中心無法因應災害規模時，應向市災害應變中心請求支援。
6. 災害狀況已不再繼續擴大或災情已趨緩和時，指揮官得縮小編組規模。 

本市災害應變中心-功能群組方式運作編組圖說明：